Neunkirchen wurde vermutlich kurz nach der Jahrtausendwende knapp östlich der Grenze des kaiserlichen Forstbezirks Burgbernheim - Leutershausen gegründet. Wahrscheinlich siedelten hier und in der ganzen Umgebung die Herren von Dornberg Bauern im damals noch vorhandenen Urwald auf der Frankenhöhe an. Deren Stammburg erhob sich damals auf dem Rotenberg oberhalb des heutigen Schalkhausen. In diesem Ort wohnten die unfreien Untertanen (Schalke) dieses Ortsadels. Schon bald darauf war die Bevölkerungszahl in Neunkirchen und Umgebung größer als die in Schalkhausen.

1307 schrieb ein unbekannter Schreiber ins älteste Lehenbuch der Bischöfe von Würzburg deshalb ganz folgerichtig: "Nüwenkirchen sita apud Dornberg (Neunkirchen bei Dornberg gelegen)." Für alle neu entstandenen Siedlungen westlich von Ansbach war ursprünglich St. Johannis die Urpfarrei, was im Falle von Neunkirchen einen auch für mittelalterliche Verhältnisse ziemlich weiten Kirchenweg bedeutete.

Die Herren von Dornberg waren die Schutzvögte des Gumbertusklosters und später auch der daneben entstehenden Siedlung Onolzbach (Ansbach), beides Lehen des Bistums Würzburg.

Irgendein Mitglied der Dornberger Adelsfamilie konnte den damaligen Bischof von Würzburg durch reiche Stiftungen - auch von anderen Wohltätern - dazu bewegen, in Neunkirchen eine eigene Pfarrei zu gründen. Es war für die hiesigen Gläubigen bestimmt ein erhebendes Gefühl, nicht mehr die weit entfernten Gottesdienste in Ansbach besuchen zu müssen. Allerdings legten auch jetzt noch viele Gläubige lange Kirchenwege zurück. Die neue Pfarrei umfasste nämlich anfangs das gesamte Gebiet westlich von Ansbach mit den Orten Au, Dautenwinden, Dornberg, Elpersdorf, Geißengrund, Hannenbach, Hinterholz, Höfen, Käferbach, Lengenfeld, Mittelbach, Neudorf, Oberdombach, Schalkhausen, Seebronn, Steinersdorf, Tiefenthal und Wüstenbruck. Sie schloss demnach auch den Bereich der später selbständig gewordenen Pfarreien Schalkhausen und Elpersdorf ein. Ob die dazwischen liegenden Mühlen schon zum Zeitpunkt der Gründung vorhanden waren, lässt sich nicht belegen. Die Zusammengehörigkeit der vielen genannten Orte lässt sich auch dadurch beweisen, dass sie noch 1549 eine gemeinsame Schafweide besaßen.

Aus der Bezeichnung "zu der neuen Kirche" wurde schnell ein Ortsname. Falls der Ort vorher anders geheißen hatte, geriet dieser nun in Vergessenheit.

Das Wort "Neunkirchen" hat also nichts mit der Zahl neun zu tun, was man wegen der heutigen Schreibweise durchaus vermuten könnte.

Erst 1264 wurde in Schalkhausen eine eigene Pfarrei gegründet - durch ausreichende Stiftungen der Edelfrau Richenza, Vögtin von Dornberg, der letzten ihrer Adelsfamilie. In der Folgezeit hatten beide Pfarrorte wieder nur einen einzigen Geistlichen, der abwechselnd in beiden Kirchen predigte, meist in Neunkirchen wohnte. Deshalb entstand zwischen beiden Kirchengemeinden ein Streit, welche nun eigentlich die mater (Mutter-) und welche die filia (Tochtergemeinde) sei.

Aus dieser Zeit stammt der Chorraum der hiesigen Kirche mit seinen schweren frühgotischen Kreuzrippen und dem sehr seltenen geraden Abschluss.

Er war ursprünglich völlig ausgemalt. Bemerkenswert ist auch die bis heute erhalten gebliebene Sakramentsnische an der Ostseite des Chores.

Die hiesigen Geistlichen wurden damals vom Würzburger Dompropst eingesetzt. Dies geschah z. B. 1425, als Friedrich Feyel, ein Kleriker aus der Bischofsstadt, hier Pfarrer wurde. Erst zehn Jahre später bekamen Neunkirchen und Schalkhausen eigene Geistliche und beide Pfarreien wurden endgültig getrennt.

Irgendwann vor 1485 wurde auch Elpersdorf eine selbständige Pfarrei. Von nun an betreute der Neunkirchener Priester nur noch die Außenorte Hannenbach, Hinterholz, Hagenmühle (heute Hohenmühle), Lengenfeld und Tiefenthal.

Die Sakristei unserer Kirche stammt aus dem Jahr 1492, was ein Stein mit dieser Jahreszahl beweist. Damals wurde gerade Amerika durch Christoph Columbus entdeckt.

Der Bauernkrieg berührte 1525 auch Mitglieder der hiesigen Pfarrei. Ein Bauernhaufen aus der Brunst und der Umgebung von Leutershausen zog in Richtung Ansbach und gelangte bis nach Dornberg, wo die alte Burg gänzlich zerstört wurde. Mindestens zwölf Bauern aus Neunkirchen, Lengenfeld und Tiefenthal nahmen an diesem Zug teil und wurden nachher dafür von der markgräflichen Verwaltung mit hohen Geldstrafen belegt.

1528 führte Markgraf Georg der Fromme in der Markgrafschaft Ansbach die Reformation ein. Dabei kam es zu einer Visitation, bei welcher der damalige Geistliche Leonhard Herz die Note "male" (schlecht) erhielt, aber sein Amt behalten durfte.

Die Reformation hatte zur Folge, dass nun auch die Einwohner von Wiedersbach östlich des Krämleinsbaches zur hiesigen Pfarrei gehörten. Sie hatten vorher die Gottesdienste im katholischen Neunstetten besucht und begruben von nun an ihre Toten hier in Neunkirchen.

1552 musste der damalige Pfarrer Jakob Schleyerer zur kaiserlichen Freistatt nach Frankenheim (heute Schillingsfürst) fliehen, weil er seine neu gekaufte Büchse einem Tagelöhner gezeigt und ihn dabei versehentlich erschossen hatte.

Um diese Zeit bekam Neunkirchen eine Schule, über die aber weiter nichts bekannt ist. Der jeweilige Lehrer war auch Organist, Kantor, Mesner und Uhrenaufzieher.

Die evangelische Pfarrei Neunkirchen kam 1556 zum neu gebildeten Dekanat Leutershausen und blieb dabei bis zum Ende der Hohenzollernherrschaft in Franken.

Im Jahr 1598 wurde auf die "Bußwürdigkeit" (schlechter Bauzustand) der hiesigen Kirche in einem markgräflichen Ausschreiben hingewiesen und deren Abwendung befohlen. Der zuständige Forstmeister in Schalkhausen erhielt die Weisung, Bauholz zu reichen. Die hiesige Pfarrgemeinde sollte an Sonn- und Feiertagen zu frommen Stiftungen ermahnt und gebeten werden, ohne Lohn und Zehrung die notwendigen Fuhren abzuleisten. Tatsächlich findet man im eichenen Gebälk des Turmdaches die Jahreszahl 1600 eingeschnitzt. Schon 1617 musste eine weitere Reparatur des Kirchturms erfolgen.

Der dreißigjährige Krieg hinterließ seine Spuren auch in Neunkirchen. Der damalige Pfarrer Johann Georg Treu verlor 1631 seine Ehefrau auf der Flucht vor den kaiserlichen Soldaten im Wald, wo sie umkam. Viele Häuser, auch das Pfarrhaus, fanden die Überlebenden nachher niedergebrannt. Die Einwohner lebten von nun an von Hafer, Gerste, Erbsen und Wicken. Als davon nichts mehr vorhanden war, kamen Brennnesseln und Kuhkräuter an die Reihe.

Trotz seines persönlichen Leides versah Treu 1632 auch Jochsberg mit, wo der Pfarrer erschlagen worden war, baute das dortige Pfarrhaus wieder notdürftig auf und wohnte darin. Um seiner drei Kinder willen heiratete er zum zweiten Mal. Aber auch Jochsberg wurde von Kroaten geplündert und niedergebrannt. Nun versuchte Treu, die übrig gebliebenen Pfarreimitglieder beider Kirchengemeinden von Freudenbach bei Creglingen aus zu betreuen. Dabei bekam er bei einem Überfall einen Schuss ins Bein, überlebte aber diese Verwundung.

Am Ende dieses Jahres 1632 sollte die Stadt Feuchtwangen auf Befehl der markgräflichen Regierung 17 Fuhren Brotgetreide teils nach Ansbach, teils nach Nürnberg transportieren. Der Wagenzug nahm seinen Weg über das evangelische Leutershausen, weil dort eine schwedische Besatzung lag. Später wurde er zwischen Hannenbach und Lengenfeld (beim späteren Straßenwirtshaus) von 200 kaiserlichen Reitern aus Lichtenau überfallen. 12 Mann der Bewachung (Spitalbürger und Bauern) wurden niedergemacht, 20 verwundet und die übrigen gefangen genommen. Der gesamte Transport mit 36 Pferden und 68 Zugochsen fiel in die Hände der Kaiserlichen.

"Die sieben Fuhrmänner" (Steinkreuze), von denen drei erhalten sind, erinnern heute noch am Straßenwirtshaus an dieses Ereignis.

Nach dem Dreißigjährigen Krieg wurden Neunkirchen und die umliegenden Dörfer mit Hilfe von österreichischen Exulanten aufgebaut, die wegen ihres Glaubens vertrieben worden waren. 

Gerade hier in Neunkirchen ist der Anteil der heute noch nachweisbaren Exulantenfamilien sehr hoch. Unter den 64 Hochzeiten zwischen 1659 und 1685, die in Neunkirchen gehalten wurden, befanden sich 31, bei denen Bräutigam oder Braut oder sogar beide Exulantennamen trugen.

Die Pfarrei wurde ab 1658 durch den Geistlichen von Schalkhausen Sebald Cramer mit versehen. Sein dortiger Nachfolger Ägiduis Müller erhielt auch noch die Pfarrei Elpersdorf dazu. Deshalb enthält das älteste noch erhaltene Kirchenbuch von Neunkirchen Eintragungen aus allen drei Kirchengemeinden.

Endlich bekam Neunkirchen 1671 mit Philipp Körner einen eigenen Geistlichen, der aber Elpersdorf als "conjungierte Pfarrei" immer noch mit versehen musste und zuerst sogar dort wohnte. Von den Kirchengrundstücken beider Pfarreien konnten anfangs nur sechs Morgen statt wie früher 35 bebaut werden. Die anderen Grundstücke waren mit Hecken bzw. Bäumen angeflogen oder es standen noch Stöcke darauf.

Als die Einwohnerzahl stieg und normale Zustände einkehrten, wurde 1681 in Neunkirchen wieder eine einseitig abgewalmte Pfarrscheune aufgebaut. Um diese Zeit musste auch die Kirchturmuhr repariert und 1689 ausgetauscht werden. Zwei Jahre vor der Jahrhundertwende wurden die Altartücher in der Kirche gestohlen.

Philipp Körner starb 1700 auf dem Weg zu einem Gottesdienst in Elpersdorf am "Stickfluss".

Für den nächsten Pfarrer Balthasar Winterberger wurde ab 1702 ein neues Pfarrhaus erstellt. Schon bei seinem Amtsantritt verfügte die markgräfliche Verwaltung die Schließung des Kirchenschiffs wegen großer Baufälligkeit, aber die Neunkirchener Kirchengemeinde ließ sich davon wenig beeindrucken. Die überfällige Maßnahme erfolgte erst 1720.

Alle Gottesdienste mussten nun in Privatlokalen abgehalten werden. Immerhin hatte Winterberger jetzt nur noch die Pfarrei Neunkirchen allein zu versorgen, denn Elpersdorf war ab 1700 wieder selbstständig geworden

Der Ansbacher Hofbaumeister Karl Friedrich von Zocha ließ zwar 1725 die Kirche notdürftig reparieren, aber diese Maßnahme half nicht viel. Das Kirchenschiff musste komplett neu gebaut und konnte 1734 endlich fertiggestellt werden. Es wurde im Vergleich zu vorher länger und höher errichtet. 

Der Neubau erhielt neues Kirchengestühl und Emporen an zwei Seiten. Damals gestaltete man auch den Altar um. Die heute noch vorhandenen beiden Assistenzfiguren wurden entfernt und den Kruzifixus stellte man in einen barocken Schrein.

Die Kanzel kaufte man zwei Jahre später gebraucht von der Kirchengemeinde Weidenbach, deren Gotteshaus St. Georg damals gerade zur markgräflichen Hofkirche umgebaut wurde. 

1737 musste die hiesige Kirche aber schon wieder repariert werden.

Nach einem markgräflichen Bericht wohnten damals (1732) in der hiesigen Pfarrei 72 Mannschaften (Familien), von denen 30 dem Hofkastenamt Ansbach, 9 den Freiherren von Crailsheim in Rügland, 9 dem Klosteramt Sulz, 8 dem Vogtamt Jochsberg, 7 dem Vogtamt Leutershausen, 6 dem Stiftsamt St. Gumbertus, 2 dem eichstättischen Kapitel Herrieden und 1 den Freiherren von Eyb in Wiedersbach unterstanden. Diese Tatsache erschwerte die Pfarreiarbeit enorm.

1768 baute man das Pfarrhaus mit einseitigem Walmdach zweigeschossig um und versah es an der Westseite mit dem Hohenzollernwappen.

1774 wurde die neue Orgel eingeweiht, welche der Orgelbauer Martin Gessinger aus Rothenburg mit zehn Registern und einem Manual für 365 fl. erstellte. Sie stand gegenüber der Kanzel über den damals vorhandenen Kindersitzen.

Als der Zimmerermeister Johann Georg Kernstock 1792 an der Straße zwischen Hannenbach und Lengenfeld ein neues Haus, - das sogenannte Chaussee-Haus oder Straßenhaus - errichtete, entstand die letzte Siedlung, die zur Pfarrei Neunkirchen kam. Das eigentliche Straßenwirtshaus, welches dem Ort den Namen gab, wurde aber erst zehn Jahre später gebaut.

Die Notzeiten der Napoleonischen Kriege machten sich dadurch bemerkbar, dass 1800 im Neunkirchener Pfarrhaus eingebrochen wurde. Dabei kamen nicht weniger als 330 fl. Bargeld, drei Silberbüchsen mit je einem Dukaten, einiges an Silberbesteck und sechs Ballen Stoff abhanden. Immerhin kann man daraus erkennen, dass es dem hiesigen Pfarrer Immanuel Strauß nicht schlecht ging. Der Diebstahl bekümmerte ihn aber vielleicht so sehr, dass er ein Jahr später an einem Schlaganfall starb.

1810 wurde die Pfarrei nach 254 Jahren Zugehörigkeit vom Dekanat Leutershausen abgetrennt und kam zum neu gebildeten königlich bayerischen Dekanat Ansbach. 

Wiedersbach wurde 1816 endlich zur selbständigen Pfarrei erhoben und jeder Gestorbene aus diesem Ort von nun an auf dem dortigen neuen Friedhof bestattet.

1818 wohnten in der Pfarrei Neunkirchen 87 Familien mit 398 Personen. Eine königlich bayerische Statistik gab 1864 für die Pfarrei Neunkirchen 120 Familien mit 562 Personen an.

Im Jahr 1988 lebten hier 116 Familien, davon 572 Protestanten und 2 Katholiken.

Das bereits bestehende Schulhaus wurde 1896 erweitert.

Zwei Jahre später erhielt die Orgel von der Firma Georg Holländer in Feuchtwangen neun neue Register, um den Klang im spätromantischen Stil zu verändern. Damals war es nur dem energischen Protest des damaligen Pfarrers Fritsch zu verdanken, dass das kostbare Rokokogehäuse erhalten blieb und nicht einem neugotischen Prospekt nach dem damaligen Zeitgeschmack wich.

Im Ersten Weltkrieg mussten die Glocken abgeliefert werden. Als man sie zum Einschmelzen am 17. Juli 1917 vom Turm holte und zerschlug, klang es wie ein Wehlaut, erinnerten sich ältere Bürger.

Damals konnten aber die ebenso zur Beschlagnahme vorgesehenen zinnernen Prospektpfeifen mit dem Argument gerettet werden, beim Ausbau könnte das schöne historische Orgelgehäuse beschädigt werden.

Nach dem Ersten Weltkrieg beschaffte die Gemeinde Glocken aus Stahl, welche damals recht preiswert waren, aber nicht den vollen Klang von Bronzeglocken hatten und im Lauf der Jahrzehnte rosteten. 

1931 wurde der Posaunenchor Neunkirchen gegründet, der bis heute das Gemeindeleben bereichert.

1933 wurde der barocke Altarschrein bis auf die Predella entfernt und der Kruzifixus ohne Rahmen wieder auf den Altar gestellt. Damals legte man die in der Barockzeit übertünchten Fresken im Chorraum wieder frei. Die Gemälde an den Seitenwänden waren leider völlig zerstört und konnten nicht mehr restauriert werden. Die Seitenwände zieren jetzt Apostelkreuze.

Weil auf dem Turm stählerne Glocken hingen, mussten diese zum Glück für die  Gemeinde im zweiten Weltkrieg nicht abgeliefert werden. Deshalb waren die Neunkirchener Glocken die einzigen weit und breit, welche damals noch zum Gottesdienst riefen.

Als im April 1945 Franken zum Kriegsschauplatz wurde, kamen fast alle Orte der Pfarrei ziemlich ungeschoren davon. Nur Lengenfeld wurde stark in Mitleidenschaft gezogen. Nach der Sprengung von einem Munitions- und einem Proviantzug im tiefen Einschnitt der Eisenbahnlinie durch Wehrmachtsangehörige wurden dort von den Amerikanern zwölf Gebäude, ein Wohnhaus und elf Scheunen in Brand geschossen.

Nach Kriegsende suchten viele Flüchtlinge und Heimatvertriebene in der Kirchegemeinde Zuflucht, darunter auch zahlreiche Katholiken. Dadurch vergrößerten sich die meisten  Orte in der Pfarrei deutlich.

Im Jahr 1960 übernahm Martin Zorn die Pfarrei Neunkirchen. Er war ein beliebter Seelsorger und zugleich auch Kunsthandwerker. In den nächsten 31 Jahren stellte er für Kirchen, Gemeindehäuser und Grabkapellen in ganz Bayern und darüber hinaus Altarkreuze, Lesepulte und vielerlei Kunstgegenstände in der eigenen Werkstatt her. Mit seiner Ehefrau zusammen schuf er Illustrationen für Religionsbücher der 3. und 4. Klassen in Bayern.

Einige davon kann man heute noch im jetzigen Gemeindehaus bewundern.

Pfarrer Zorn veranlasste auch die letzte Renovierung des Kirchengebäudes zwischen 1964 und 1969. Er ließ das Turmdach vollständig erneuern und die Orgel an die Westseite der Empore versetzen. Dadurch konnte die Seitenempore etwas zurückgenommen und der Blick auf den Chorraum besser freigemacht erden. Die Fenster wurden im Stil des 18. Jahrhunderts erneuert und die Portale mit Kupferbeschlägen gestaltet.

Man holte auch die beiden Assistenzfiguren vom Dachboden des Landgerichts in Leutershausen, restaurierte sie in mittelalterlicher Manier und stellte sie neu auf. Es handelte sich dabei um die Darstellung der Maria unter dem Kreuz. Sie bildete ursprünglich mit einer verschollenen Johannisfigur und dem vorhandenen Altarkruzifixus eine Gruppe, die von einem unbekannten fränkischen Bildschnitzer in der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts geschaffen wurde. Die Figur des Stephanus deutet auf einen vor der Reformation vorhandenen Seitenaltar hin.

Auf dem Friedhof konnte 1973 eine Leichenhalle eingeweiht werden. Bis dahin hatte man die Toten drei Tage lang im eigenen Haus aufbewahrt und erst bei der Beerdigung unter dem Gesang der Schulkinder zum Friedhof gebracht.

Die Volksschule (nach 1969 nur noch Grundschule) wurde 1974 aufgelöst. Die Kinder besuchten von nun an die Volkschule in Leutershausen. Nun stand das Schulgebäude leer und wurde nur noch von der Kirchengemeinde und auch vom Posaunenchor genutzt.

1979 kam die Pfarrei Neunkirchen nach 169 Jahren vom Dekanat Ansbach wieder zum Dekanat Leutershausen zurück.

Seither gehörten alle evangelischen Einwohner der durch die Gemeindegebietsreform entstandenen Großgemeinde wieder zu einer einzigen Kirchenbehörde.

1980 fand Kreisheimatpfleger Claus Broser im Stadtarchiv von Rothenburg o. T. in zwei päpstlichen Urkunden den nach der Reformationszeit in Vergessenheit geratenen Namen der Neunkirchener Kirche. St. Georg. Von nun an wurde dieser Name durch besonderen Beschluss des hiesigen  Kirchenvorstandes wieder verwendet.

Im gleichen Jahr setzte man das Pfarrhaus in Neunkirchen instand, wobei der Ostgiebel komplett erneuert werden musste. Bei der Sanierung verwendete man leider das Holzschutzmittel Xylamon (mit dem giftigen Lindan) bei den historischen Balken im Übermaß. Dadurch erkrankten Pfarrer Zorn und seine Familie nach dem neuerlichen Einzug in den nächsten Jahren immer wieder auf damals unerklärliche Weise.

1982 renovierte man das Kriegerdenkmal.

Wegen mangelnder Beteiligung der Schüler und Schülerinnen musste 1987 das Beerdigungssingen - eine Jahrhunderthalte Tradition seit der Reformation - leider eingestellt werden.

Ein Jahr später wurde das ehemalige Schulhaus zu einem eigenen Gemeindehaus umgebaut.

1989 konnten drei neue Bronzeglocken mit den Tönen e, g, und a  angeschafft werden, die "Friede, Gnade und Leben" genannt wurden. Die früher im Turm aufgehängten stählernen Glocken stehen seither in der Ecke des Friedhofs zwischen der Kirche und dem Gemeindehaus.

Walter Strebel übernahm 1992 die Pfarrei Neunkirchen, nachdem im Jahr vorher Martin Zorn sein Amt aus gesundheitlichen Gründen aufgegeben hatte.

Der neue Geistliche bekam damals auch die Pfarrei Wiedersbach zugeteilt, welche vorher jahrzehntelang vom 2. Pfarrer in Leutershausen betreut worden war. In den nächsten vier Jahren war Pfarrer Strebel auch Dekanatsposaunenobmann.

Der Kirchturm erhielt 1993 eine funkgesteuerte Turmuhr, damit die Mesnerin diese nicht mehr wie früher zweimal täglich aufziehen musste.

Pfarrer Strebel meldete sich 1994 von Neunkirchen nach Betzenstein weg, weil seiner Meinung nach zu wenig gegen das Holzschutzmittel Lindan in seinem Pfarrhaus unternommen wurde. Er konnte seine neue Pfarrstelle aber nicht antreten, weil ihn dort genau dasselbe Problem erwartete.

1998 wurde der Gospelchor "All Together" gegründet.

Im Jahr 2003 restaurierte man das Kriegerdenkmal für die Gefallenen des ersten Weltkrieges und ließ es anschließend in die Mauer des Vorraums zur Leichenhalle ein.

Von 2005 bis 2008 leitete zum erstenmal eine Frau die Pfarrei Neunkirchen, nämlich Pfarrerin Heike Bachmann.

Im gleichen Jahr wurde die durch den heißen Sommer von 2003 schwer geschädigte Orgel von der Firma Lutz in Feuchtwangen auf 12 Register und zwei Manuale für 105.700 Euro umgebaut, wobei der wertvolle historische Prospekt bestehen blieb.

Von 2009 bis 2017 wurde die Pfarrei von Pfarrer Johannes Repky betreut. Seit 01.03.2018 ist die Pfarrstelle mit Pfarrerin Teresa Sichermann besetzt.